第六个徽章是灵魂徽章，需前往飞鸟市的超能力属性道馆挑战馆主娜姿获得。从常青市出发向南穿越501号道路，沿途需应对野生宝可梦和训练家挑战，抵达天狼市后向西进入连接道路，再向北行进即可到达飞鸟市。道馆内部设有传送机关，需通过正确顺序触发传送点才能抵达馆主房间。
娜姿的主力宝可梦为Lv.38胡地、Lv.37吸盘魔偶和Lv.43勇吉拉，建议使用恶系、虫系或幽灵系技能克制。若队伍等级不足，可在道馆附近的野生原野区或122号水路进行练级。战胜后除获得灵魂徽章外，还能习得技能机器04冥想，该徽章允许玩家在野外控制Lv.70以下的外来宝可梦。
前往飞鸟市前需完成彩虹市的火箭队基地事件。从彩虹市东侧出口进入16号道路，使用居合斩清除挡路小树后抵达静谧桥，与桥上研究员对话获得金色羽毛道具。该道具是进入飞鸟市的必要条件，否则警卫会阻拦玩家通过。
道馆解谜环节存在特定规律：首先激活入口右侧的红色传送点，传至西南角后触碰蓝色传送装置，接着连续触发两次绿色传送点可直达馆主房间。错误传送会导致返回道馆入口，建议在每次传送后手动存档。馆内训练家均使用超能力系宝可梦，携带黑暗鸦或阿柏怪可有效降低战斗难度。
第六徽章获取后，玩家可前往紫苑镇触发富士老人剧情，或向东南方行进挑战第七个道馆。灵魂徽章作为关键进度节点，将解锁冲浪技能的野外使用权限，建议在此阶段完善队伍配置，至少培养一只水系宝可梦以备后续航海需求。
