神兽和稀有怪兽的分布位置是玩家探索的核心内容。急冻鸟位于双子岛最深处，需将岩石推入洞中挡住急流才能遇见，推石顺序为上→右→下→左。闪电鸟栖息于无人发电站深处，火焰鸟则出现在火焰山山顶。超梦需在通关后前往红莲岛超梦山洞最深处捕捉，而梦幻则隐藏于红莲岛拿取秘密钥匙的建筑物楼层中。
三圣鸟之外的传说宝可梦分布更具隐蔽性。路基亚出现在3号岛右侧捕捉土龙的草丛中，凤凰则需在1号岛下方草丛探索。雪拉比的遭遇地点为3号岛左侧森林，三神柱中的岩神柱在岛1上方草地，冰神柱位于双子岛，钢神柱则需前往无人发电站。红蓝水都（拉帝亚斯与拉帝欧斯）需在7号岛最下方海域使用潜水术寻找，海皇牙则需在双子岛垂钓获得。
古拉顿的捕获地点为1号岛火焰山地下，天空龙（烈空坐）藏于冠军之路第二层。吉拉奇出现在幽灵塔顶楼，迪奥西斯则需在幽灵塔击败嘎拉嘎拉的楼层遭遇。时间球对神兽捕捉效果显著，战斗回合超过30次后捕捉率将超越高级球。
常规稀有怪兽的获取途径具有区域特性。月见山可捕获皮皮与化石宝可梦，击败火箭队后可在化石盔与菊石兽化石中二选一。常磐森林能遇见皮卡丘，华蓝市道馆后方房屋可触发火箭队事件获取挖洞技能。彩虹市大楼后门顶楼隐藏着伊布，紫苑镇灵塔需装备观测镜才能应对幽灵系宝可梦。
游戏进程中的关键道具直接影响怪兽遭遇。枯叶市圣安奴号船长处获取居合斩后，可劈开树木挑战电系道馆。紫苑镇富士老人赠送的宝可梦笛子用于唤醒挡路的卡比兽。战斗探测器能在一号岛灯火山温泉附近反复挑战训练师刷取经验值，通关后升级图鉴至386版可解锁火焰山右侧山洞的红宝石获取路径。
